والتحق آيزنكوت بالجيش عام 1978 من بوابة لواء غولاني، وتدرج في الرتب والمناصب من قيادة اللواء إلى فرقة الضفة الغربية خلال الانتفاضة الثانية، ثم إلى إدارة العمليات وقيادة المنطقة الشمالية، وصولا إلى رئاسة الأركان التي تولاها في فبراير/شباط 2015.